Сотрудники Сеченовского университета вместе с российскими коллегами провели анализ данных о структуре РНК вируса клещевого энцефалита. Ученые смогли выяснить возраст подтипов вируса и проследить его распространение по Евразии. Статья исследователей опубликована в журнале Viruses.

Клещевой энцефалит распространен в Центральной и Восточной Европе и широкой полосе на юге Сибири и Дальнего Востока. Вирус может проникать в ткани головного и спинного мозга, из-за чего у инфицированного человека развиваются двигательные расстройства, нарушения сознания, а в тяжелых случаях возникает паралич и заболевший умирает. Каждый год в России клещевой энцефалит диагностируют у полутора-двух тысяч человек. Примерно у 30% из них появляются неврологические осложнения, а от 20 до 100 погибают.

Вирус, который становится причиной заболеваний, относится к роду Flavivirus, в который также входят вирус Зика и вирус лихорадки денге. Всего ученые выделяют три подтипа вируса — дальневосточный, сибирский и европейский. Каждый из них получил названия из-за региона, в котором преимущественно обитает. Однако такое деление во многом условное, встречаются случаи заражения одним подтипом в регионе другого. В последнее время область распространения патогена увеличивается за счет более северных регионов, таких как Кольский полуостров, и горных областей. Например, в 2019 году медики впервые зафиксировали заражения вирусом в Великобритании и Нидерландах. Для понимания распространения вируса ученым необходимо выяснить, как он менялся на протяжении своей истории. На данный момент результаты исследований зачастую противоречивы.

В новом исследовании ученые обратились к базе данных GenBank, которая содержит более 200 миллионов нуклеотидных последовательностей РНК и ДНК различных организмов. Авторы нашли там генетические последовательности разных подтипов вируса клещевого энцефалита и с помощью компьютерных алгоритмов сравнили РНК вирусов, обнаруженных ранее на территории нескольких стран. Анализ полученных данных позволил исследователям оценить время расхождения видов. Исследователи нашли возраст ближайшего к нашему времени общего предка для каждого из подтипов. Оказалось, что предки сибирского и дальневосточного подтипов существовали 700 и 900 лет назад соответственно, что согласуется с более ранними работами. При этом для европейского подтипа возраст предка составил 1600 лет и был оценен впервые после обнаружения его в Нидерландах.

Исследователи также попытались выяснить, как генетически близкие вирусы одного подтипа оказывались в разных странах на расстоянии в тысячи километров друг от друга. Ученые нашли несколько вероятных объяснений. Во-первых, вирусы могут перемещаться на большие расстояния вместе с животными — перелетными птицами или летучими мышами. Во-вторых, их распространению могут способствовать люди, которые перевозят на новые места скот или животных для охоты.

Кроме того, исследователи предложили алгоритм, который имитирует составление выборок для исследований. Применяя его, авторы статьи показали, что различия в результатах ранее опубликованных работ хорошо объясняются тем, какие из собранных на момент анализа последовательностей вошли в работу.