Исследователи впервые изучили геномную эпидемиологию коронавируса в России. Для этого авторы проанализировали 211 образцов SARS-CoV-2, полученных от пациентов на территории страны в период с 11 марта по 23 апреля 2020 года. Результаты подтвердили предположение, что коронавирус попал в Россию из Европы конце февраля — начале марта этого года. Препринт с результатами исследования опубликован на сайте medRxiv.

Сегодня Россия занимает четвертое место в мире по количеству зараженных коронавирусом. Но эпидемия в нашей стране началась позже, чем во многих соседних государствах. Одним из объяснения считались резкие меры по закрытию границы с Китаем. Однако точные данные о распространении вируса и эффективности тех или иных эпидемиологических мер можно получить, только если использовать генетический анализ образцов вирусов. Эти инфекционные агенты быстро мутируют, поэтому исследование их генома и сравнение последовательностей позволяет восстановить детали эволюции и распространения патогена в популяции.

Ученые из Центра наук о жизни Сколковского института науки и технологий, Высшей школы экономики, НИИ гриппа имени А. А. Смородинцева и Института проблем передачи информации имени А. А. Харкевича РАН проанализировали, как распространялась коронавирусная инфекция на раннем этапе пандемии. Авторы сопоставили генетические данные по вирусам, которые распространены на территории России, с данными о передвижении населения. Это позволило ученым сделать вывод о том, что разнообразие в популяции вируса увеличилось из-за по крайней мере 67 независимых завозов патогена в разные города России в конце февраля — начале марта.

Согласно полученным данным, в отличие от других стран в Россию SARS-CoV-2 попал не из Китая, а по большей части из Европы. При этом многие ранние случаи завоза вируса не вызывали его вспышки в России. Тем не менее на данный момент в нашей стране циркулирует как минимум девять различных вариантов патогена, которые не наблюдаются в других странах.

Сделать такой вывод ученые смогли благодаря анализу 211 образцов вируса. Отдельное внимание авторы уделили вспышке инфекции в одной из больниц Санкт-Петербурга — НИИ им. Вредена, в которой заболело более 400 человек. Исследователи установили, что из медицинского учреждения патоген распространился по городу, вызвав увеличение заболеваемости в Санкт-Петербурге.

«Геномная эпидемиология не только показывает, как вирус оказался в России, но и позволит понять то, что будет происходить дальше, — говорит один из исследователей, профессор Сколтеха Георгий Базыкин. — Допустим, Россия откроет границы и начнут возникать новые случаи. Будут ли они результатом продолжения эпидемии в России, или новых завозов? Сравнивая геномы новых и старых вирусов, мы сможем это выяснить».