Швейцарские ученые из Федеральной политехнической школы Лозанны и Швейцарской высшей технической школы Цюриха разработали метод секвенирования РНК отдельных клеток, при котором они остаются живыми. Благодаря этому с клетками можно будет продолжать работать после проведения анализа. Исследование опубликовано в журнале Nature.
Секвенирование РНК позволяет биологам изучать экспрессию генов в клетке. Так как мРНК синтезируется на матрице ДНК, по ней можно определить последовательность гена. Такой метод позволяет измерить активность сотен генов в клетках, или их транскриптом. В настоящее время даже разработан метод секвенирования РНК отдельных клеток, что позволяет узнать транскриптом конкретной клетки из популяции. Это важно как для фундаментальной биологии, так и для биомедицины.
Швейцарские ученые разработали новый метод секвенирования РНК отдельных клеток, при котором не нужно их лизировать, то есть они остаются живыми. После проведения анализа с клетками можно работать дальше, что делает метод минимально инвазивным. В связи с этим исследователи назвали свой метод Live-seq. В его основе лежит жидкостная силовая микроскопия (FluidFM). При пробоподготовке образца для нее раствор перемещается по микроканалам, что позволяет помещать молекулы в отдельные клетки либо забирать из них цитоплазму, содержащую мРНК. Прочитав мРНК в таких небольших объемах цитоплазмы, можно сделать вывод о транскриптоме клетки, а также связать его с ее молекулярными свойствами или с фенотипом. Ученые также убеждены, что их метод позволяет проводить темпоральный транскриптомный анализ, то есть благодаря ему можно изучать изменение активности генов в конкретные временные точки.
Чтобы проверить Live-seq, ученые показали, что этот метод позволяет идентифицировать различные типы клеток и их состояния, не нанося повреждения. С помощью нового метода ученые показали состояние макрофагов — иммунных клеток — до и после их активации. Также они исследовали адипозные стромальные клетки — тип стволовых клеток — до и после их дифференциации в жировые клетки. Наконец, технология Live-seq позволила ученым предсказать, насколько сильный иммунный ответ дадут те или иные иммунные клетки.
Технология Live-seq важна для фундаментальных биологических и биомедицинских исследований. Благодаря ей теперь можно проводить пространственно-временной транскриптомный анализ, то есть появится возможность знать активность генов в конкретной клетке в конкретный момент времени.
Подписывайтесь на InScience.News в социальных сетях: ВКонтакте, Telegram, Одноклассники.
