Современные стратегии выявления коронавирусной инфекции сильно отличаются от региона к региону. Это влияет на общую статистику, которая может быть отражена неверно. Ученые разработали новый вычислительный метод, который поможет более точно прогнозировать динамику заболеваемости. Исследование опубликовано в журнале Nature Communications.
Ежедневный подсчет новых случаев заболевания COVID-19 очень важен, так как позволяет оценивать динамику пандемии. Он основан на положительных результатах диагностических тестов, которые, в свою очередь, зависят от стратегии тестирования. Однако стратегии отличаются от региона к региону и со временем меняются. Это изрядно затрудняет прогнозирование.
Исследователи разработали новый вычислительный метод, позволяющий выводить временные профили вирусной заболеваемости из геномных последовательностей и дат их выборки. Поскольку вирусный геном лежит в основе устойчивого процесса мутации, изменения в его последовательности с течением времени также отслеживают его распространение по популяции. «Мутации, возникающие в вирусных геномах, оставляют особый сигнал. Он позволяет связать генетическое разнообразие с размером вирусной популяции и в данном случае с заболеваемостью», — поясняет Дениз Кюнерт из Института Макса Планка (Германия).
Чтобы проверить новый метод, команда провела анализ с использованием геномов SARS-CoV-2 из четырех разных регионов (Дания, Шотландия, Швейцария и австралийский штат Виктория). Исследование подчеркнуло влияние государственных мер по профилактике распространения COVID-19. Показательны карантинные меры, принятые многими европейскими странами. Весной 2020 года, после введения строгих мер изоляции в Европе, эффективное репродуктивное число (показатель, отражающий заразность заболевания) резко упало до уровня ниже 1. Когда эти меры были в большинстве стран ослаблены в начале лета 2020 года, число увеличилось.
Используя коррелят заболеваемости и общедоступные данные о стратегиях тестирования, исследователи рассчитали, как часто выявляются новые случаи заболевания. Ученые показали, что, чем больше возможностей у тестирования, тем больше случаев могут обнаружить врачи. Однако вероятность обнаружения уменьшается, когда критерии тестирования смягчаются. Это объясняет, почему летом 2020 года в Европе фиксировали относительно небольшое количество заражений, так как более мягкие критерии тестирования сочетались с его низкими возможностями.
Подписывайтесь на InScience.News в социальных сетях: ВКонтакте, Telegram, Одноклассники.
