Исследователи разработали новый инструмент под названием ImmuneLENS. Он позволяет вычислять концентрации Т- и В-клеток по данным полногеномного секвенирования (WGS). Работа показала, что у пациентов с раком низкое содержание Т-клеток в крови связано с худшими показателями выживаемости. Более высокие уровни этих клеток могут предсказывать на 47% меньшую смертность в течение пяти лет после операции. Результаты исследования опубликованы в журнале Nature Genetics.
Иммунные клетки, такие как Т-лимфоциты и В-лимфоциты, играют важную роль в защите организма от рака. Они распознают и уничтожают раковые клетки. В нормальных условиях Т-лимфоциты активно ищут и уничтожают эти клетки, однако по мере прогрессирования опухоли они могут терять свою эффективность. Опухолевые клетки адаптируются к иммунному ответу, что позволяет им расти и распространяться по организму, подавляя активность иммунной системы.
Полногеномное секвенирование (WGS) — это метод, который позволяет получить полное представление о ДНК человека. Он включает изучение специфических участков ДНК, связанных с различными клетками. Это позволяет оценить их количество и функциональные особенности.
Ученые разработали метод ImmuneLENS, который значительно улучшает существующие подходы к анализу иммунных клеток в крови. Он не только определяет количество Т-лимфоцитов, но и оценивает способность В-лимфоцитов созревать и меняться, а также разнообразие их рецепторов. Этот метод использует специальный алгоритм анализа данных секвенирования для точного определения участков ДНК, отвечающих за эти клетки.
Исследования показали, что у пациентов с раком уровень циркулирующих Т-клеток ниже, чем у здоровых людей. Более высокие концентрации Т-клеток связаны с уменьшением смертности на 47% в течение пяти лет после операции по удалению опухоли.
Метод ImmuneLENS также позволяет легко отличать различные типы В-клеток друг от друга. Когда В-клетки созревают, они специализируются на производстве определенного типа антител — белков, которые нейтрализуют вредные вещества, такие как вирусы и бактерии. Команда использовала этот процесс специализации для идентификации В-клеток и их классификации.
Когда этот метод применили к данным WGS, ученые выяснили, что В-клетки, вырабатывающие антитела IgM/D (которые появляются при первом контакте организма с чужеродным антигеном), были единственным типом В-клеток, связанным с улучшением выживаемости больных раком. То есть эти клетки могут играть ключевую роль в противоопухолевом иммунитете и стать новым биологическим маркером для диагностики рака.
Кроме того, исследователи обнаружили, что у здоровых людей с возрастом уменьшается количество иммунных клеток в крови. Однако этот процесс происходит быстрее у пациентов с раком. У людей с диагностированным уже после взятия образцов раком уровень В-клеток оказался ниже среднего. Следовательно, количество B-клеток может указывать на ранние стадии заболевания или изменения в иммунной системе, предшествующие развитию рака.
«Мы рады поддержать эту работу по изучению того, может ли измерение уровня иммунных клеток в крови помочь предсказать выживаемость при раке. Мы живем в золотой век исследований, когда можем использовать данные пациентов сложным образом для лучшего понимания рака и способов борьбы с ним. Необходимы дальнейшие исследования, но в один прекрасный день это может стать инструментом для персонализации лечения людей с раком», — рассказала Нишарнти Дагган из Cancer Research UK.
Автор: Оксана Гриценко.
Подписывайтесь на InScience.News в социальных сетях: ВКонтакте, Telegram, Одноклассники.
