Ученые факультета биологии и биотехнологии ВШЭ вместе с коллегами из МГУ им. Ломоносова разработали программу, позволяющую строить сеть внутриклеточных взаимодействий раковых клеток, и выявили ключевые молекулы, отвечающие за метастазирование рака молочной железы. С помощью этой технологии ученые определили, что фактор транскрипции E2F1 оказался ключевым регулятором большого количества генов-маркеров, экспрессия которых позволяет с высокой точностью предсказывать, будут ли у пациента метастазы, или нет. Результаты исследования опубликованы в журнале PLOS ONE.

На первом этапе с помощью машинного обучения была построена и программно реализована математическая модель, позволяющая строить сети взаимодействий микроРНК, их мишеней и факторов транскрипции. В отличие от других программ созданная исследователями разработка позволяет интегрировать различные источники данных. Они включают в себя как базы данных взаимодействий, так и профили экспрессии рассматриваемых молекул, например, в реальных опухолях. Воспользоваться программой может любой желающий.

«Мы выдвинули гипотезу, что наиболее активные молекулы из построенной сети могут содержать в себе прогностическую информацию: если с ними что-то не так в первичной опухоли, то множество испорченных взаимодействий может увеличивать вероятность развития метастазов. В первом приближении гипотеза подтвердилась. Более того, большой процент от найденных прогностических генов оказался непосредственно связан с активностью одной молекулы — E2F1», — говорит младший научный сотрудник Международной лаборатории микрофизиологических систем ВШЭ Степан Нерсисян.

---

Подписывайтесь на InScience.News в социальных сетях: ВКонтакте, Telegram, Одноклассники.