Российские ученые оценили эффективность T-клеточного иммунного ответа против 11 различных штаммов SARS-CoV-2. Также исследователи создали портал, который позволяет отслеживать влияние мутаций коронавируса на способность главного комплекса гистосовместимости человека (HLA) взаимодействовать с белками вируса. Статья опубликована в журнале Nucleic Acids Research.
Постоянные мутации позволяют вирусу SARS-CoV-2 эффективно распространяться, уклоняясь от антител. До сих пор оставалось неясно, могут ли новые штаммы коронавируса скрываться от T-клеточного иммунитета — одной из главных линий защиты организма. Развитие T-клеточного иммунного ответа во многом определяется генетическими факторами, в том числе вариантами генов главного комплекса гистосовместимости человека (HLA). Каждый вариант гена HLA соответствует молекуле, распознающей определенный набор фрагментов белка вируса. Каждый человек обладает своим уникальным набором вариантов этого гена, в зависимости от которого иммунитет либо уничтожает мутировавший вирус с той же эффективностью, что и базовый, либо менее успешно.
Ученые с факультета биологии и биотехнологии ВШЭ и ИБХ РАН оценили генетические особенности развития Т-клеточного иммунитета к 11 основным штаммам SARS-CoV-2, проанализировав наиболее распространенные варианты генов HLA. По результатам работы авторы разработали портал T-cell COVID-19 Atlas (T-CoV).
Методы биоинформатики позволили оценить силу взаимодействия сотен вариантов HLA и десятков тысяч вирусных пептидов основных штаммов SARS-CoV-2 (альфа, бета, гамма, дельта, эпсилон, дзета, эта, тета, йота, каппа и лямбда). Ученые выделили аллели HLA с наиболее сильно изменившимся репертуаром распознаваемых пептидов вируса. Носители таких аллелей могут составлять группу риска при заражении мутантным штаммом вируса. Авторы статьи предполагают, что портал T-CoV поможет предсказывать восприимчивость людей с разными генотипами HLA к мутациям коронавируса и, возможно, прогнозировать тяжесть болезни. Новый тест, по словам авторов, уже находится на финальной стадии разработки и проверки.
«T-клеточный иммунитет задуман природой так, что разнообразие молекул HLA и Т-клеточных рецепторов не должно позволить вирусу скрыться от иммунного ответа. Наше исследование не выявило ни одного варианта генотипа HLA, в значительной степени подверженного негативному влиянию мутаций в вирусе. Это значит, что даже в ситуации, когда эффективность антител снизится, сработает Т-клеточный иммунитет», — говорит соавтор исследования Александр Тоневицкий.
Подписывайтесь на InScience.News в социальных сетях: ВКонтакте, Telegram, Одноклассники.
