Международная группа ученых использовала огромную базу данных ДНК собак, чтобы понять, как друг человека эволюционировал в разные породы. В рамках проекта Dog10K специалисты секвенировали геномы 321 породы собак, а также диких собак, койотов и волков, а потом сравнивали их с собакой-эталоном — немецкой овчаркой по кличке Мишка. Это исследование поможет не только найти гены, которые отвечают за внешний вид разных пород, но и исследовать распространенные заболевания с точки зрения генетики. Работа опубликована в журнале Genome Biology.
Исследователи проанализировали более 48 миллионов фрагментов генетической информации о 1987 особях, включая 1611 собак (321 порода), 309 деревенских собак, 63 волков и 4 койотов, с помощью высокопроизводительного вычислительного кластера в Мичиганском университете. Эти данные биологи сравнили с геномом немецкой овчарки по кличке Мишка, которая считается эталоном. Специалисты обнаружили, что у каждой породы собак есть около 3 миллионов отличий от генома Мишки в одинаковых участках хромосом. Ученые также обнаружили 26 тысяч последовательностей, которые были у Мишки, но в среднем не было у других собак, и 14 тысяч — которых у немецкой овчарки не было, зато в среднем у других пород они присутствовали.
Ученые разделили породы собак на 25 основных групп по родственным связям. Они в целом совпадают с тем, что люди уже знали о происхождении разных пород собак. Кроме того, специалисты отметили, что большинство отличающихся генов связано с внешним видом собак.
При этом у волков вариаций генов было на 14% больше, чем у домашних животных. Кроме того, у диких деревенских собак было больше генетических вариаций, чем у их породистых собратьев.
Исследование также выявило 926 ретрогенов — новых генов, образующихся, когда РНК снова превращается в ДНК и вставляется в геном в другом месте. Самым известным из этих ретрогенов был FGF4, который несет фенотип коротких ног (как у таксы и корги).
Исследование поможет исследовать генетические основы самых разных характеристик собак, а также распространенных заболеваний, например рака.
Подписывайтесь на InScience.News в социальных сетях: ВКонтакте, Telegram, Одноклассники.
