Американские исследователи из Техасского университета разработали метод, который позволяет картировать разные типы клеток, содержащиеся в ткани. Это изобретение полезно для детального изучения не только тканей в целом, но и раковых опухолей. Результаты исследования опубликованы в журнале Nature Biotechnology.
Секвенирование РНК одиночных клеток — это уже довольно распространенный метод, который позволяет анализировать экспрессию генов многих отдельных клеток, содержащихся в образце. Однако полученные данные не содержат информацию о взаимном расположении клеток в ткани. С другой стороны, с помощью методов пространственной геномики можно анализировать мелкие группки клеток и их расположение друг относительно друга. Тем не менее нельзя получить сведения об отдельных клетках.
Американские ученые разработали инструмент CellTrek. Он использует данные, полученные с помощью секвенирования РНК одиночных клеток и методом пространственной транскриптомики. Используя эту информацию, инструмент определяет расположение отдельных клеток в ткани. Ученые использовали доступные в открытых базах данных сведения о тканях мозга и почек. С помощью CellTrek они создали самые точные и детальные карты клеток, содержащихся в этих тканях.
Авторы изучили образец ткани, полученной от пациентки с протоковой карциномой — разновидностью рака молочной железы. Применив CellTrek, исследователи проанализировали 6800 отдельных клеток и 1500 регионов, выделенных методами пространственной транскриптомики. Ученые выявили, что в некоторых регионах опухоли есть разные подгруппы клеток, которые развиваются по-разному. Метод также позволил создать карту иммунной к опухоли микросреды.
«Хотя этот метод не разработан исключительно для изучения опухолей, он, очевидно, поможет лучше понимать рак. Развитие патологии способствует улучшению диагностики рака. Благодаря этому инструменту мы можем соотнести молекулярные и патологические данные и разработать более подробные классификации опухолей. Это поможет лучше подбирать лечение», — рассказал Николас Навин из Техасского университета, главный автор исследования.
Подписывайтесь на InScience.News в социальных сетях: ВКонтакте, Telegram, Одноклассники.
