Японские ученые из Токийского научного университета представили новый метод секвенирования РНК одиночных клеток — TAS-Seq. Он обладает более высокой чувствительностью по сравнению с другими современными методами. Работа опубликована в журнале Communications Biology.
Появление методов секвенирования РНК одиночных клеток сильно изменило медицину и биологию, так как позволило ученым исследовать процессы, происходящие в каждой из множества клеток. В то же время современные методы такого секвенирования имеют ряд ограничений. Они могут допускать неточности в определении состава клетки. Кроме того, в этих методах необходима амплификация кДНК (комплементарной ДНК) — процесс, при котором образуются миллионы копий двухцепочечной ДНК, «комплементарной» одноцепочечной РНК. Чаще всего используются неэффективные техники амплификации.
Японские исследователи разработали улучшенный метод секвенирования РНК одиночных клеток — TAS-Seq (терминаторная твердофазная амплификация кДНК и секвенирование). Для амплификации кДНК в этом методе используется терминальная трансфераза (ТдТ) — фермент, которому для работы не требуется матрица. ТдТ способна добавлять нуклеотиды в цепь. В качестве терминаторов при амплификации используются дидезоксинуклеотидфосфаты (ddNTP). Эти терминаторы нужны для того, чтобы ТдТ не синтезировала чересчур длинные полинуклеотидные хвосты. TAS-Seq также является твердофазным методом, так как в нем используется платформа на основе наноям и стеклянных шариков. Такая платформа позволяет изолировать одиночные клетки из образцов тканей. Благодаря этому снижается ошибка отбора и повышается точность данных.
Исследователи сравнили свой метод TAS-Seq с другими методами секвенирования — 10X Chromium V2 и Smart-seq2. Для этого использовались образцы тканей легкого человека и мыши. Оказалось, что TAS-Seq позволяет обнаруживать большее число генов. Также эта техника идентифицирует более вариабельные гены. Данные, полученные с помощью TAS-Seq, коррелировали с результатами проточной цитометрии.
Ученые уже завершили разработку TAS-Seq2 — улучшенной, оптимизированной версии метода. TAS-Seq2 в 1,5–2 раза чувствительнее определяет гены в клетках селезенки мышей по сравнению с TAS-Seq. Дальнейшее развитие этих методов приведет к открытию новых терапевтических мишеней для лечения различных заболеваний. Также разработка этих методов поможет развитию пространственной транскриптомики, в которой тоже часто используется амплификация кДНК. Вместе все это улучшит наше понимание принципов биологии, а также развития и прогрессии болезней.
Подписывайтесь на InScience.News в социальных сетях: ВКонтакте, Telegram.
Подписывайтесь на InScience.News в социальных сетях: ВКонтакте, Telegram, Одноклассники.
