Биоинформатики из Университета Род-Айленда изучили разнообразие микробов, обитающих в различных частях виргинских устриц и определили функции некоторых из них. Знание влияния микробиома на здоровье и характеристики устриц поможет их более эффективному разведению. Статья опубликована в журнале mSphere.
В последние годы все больший интерес вызывает микробиом, который иногда даже выделяют в отдельный орган. Для человека есть данные о связи микроорганизмов с иммунной системой, психическими расстройствами, риском развития рака и т. д. При этом состав микробов в различных частях тела сильно отличается. Найти похожие закономерности для устриц решили биологи с Восточного побережья США.
Для этого они использовали метагеномный подход. Он позволяет узнать о микробном разнообразии без выделения отдельных организмов, что обычно и вовсе не возможно, ведь каждому виду необходимы свои условия. Микробиом человека, к примеру, составляют около десяти тысяч различных бактерий. Поэтому изучение видового состава бактериальных сообществ сегодня проводят с помощью анализа ДНК. Для начала с помощью различных реагентов исследователи выделяют нуклеиновые кислоты. Затем проводят секвенирование полученных образцов, то есть узнают последовательность нуклеотидов, из которых состоит ДНК. И после этого с помощью методов вычислительной биологии собирают геномы отдельных видов.
Ученые выяснили, что представители одного из видов микоплазм были особенно многочисленны в нижних отделах пищеварительного тракта устриц. Сравнив их геном с уже изученными, они обнаружили, что те способны переваривать хитин. Кроме того, эти бактерии характерны для кишечника именно здоровых устриц. У больных же особей они были обнаружены и в других частях тела. Это может быть связано с неправильной работой иммунной системы. На это указывает и способность бактерии питаться аргинином, что характерно патогенным для устриц микробам.
Еще одной интересной находкой стал вид бактерий, обнаруженный в больших количествах только у взрослых особей. Вероятно, он необходим для здорового роста молодняка. Если это так, то с их помощью возможно регулировать популяцию моллюсков.
«Изученные нами устрицы важны не только для аквакультуры, но и для экосистемы, в которой они живут. Они участвуют в постройке рифов, фильтруют воду, занимают место в пищевой цепи. При этом мало известно об их микробиоме и его влиянии на их здоровье. Мы впервые сравнили состав бактериальных сообществ их кишечника, жабр, раковины и мантии. Мы уверены, что, чем больше мы узнаем о микробиоме устриц, тем яснее для нас будет, как сохранить их численность», — отмечает ведущий автор исследования Закари Пиментел.
Подписывайтесь на InScience.News в социальных сетях: ВКонтакте, Telegram, Одноклассники.
